合伙公司合作协议专业版通常涵盖以下内容：
1. 合作宗旨与范畴：明确双方的合作目标、范围及合作期限。
2. 资金投入方式与比例：详述各合伙人的出资方式及比例，即各合伙人在合伙资本中所占的份额。
3. 权利与义务：阐述各合伙人在合作过程中的合法权益与义务，包括但不限于管理、决策、运营及财务报告等方面。
4. 盈利分配：规定合作期间内盈利分配方式，可根据合伙人出资比例、劳动贡献或其他约定进行分配。
5. 业务运营：设定合伙企业的经营领域、运营模式以及各合伙人在业务运营中的职责与权限。
6. 管理机构与决策流程：规定合伙企业的管理机构、决策流程以及重大事项的决策方式。
7. 合伙人退出、加入与股权转让：针对合伙人退伙、新合伙人加入及股权转让等情形，制定明确的规定与程序。
8. 合伙企业财务管理：规定合伙企业的会计核算、报表编制、盈利分配及分红等财务管理事项。
9. 知识产权与保密条款：明确合作过程中产生的知识产权归属及双方对商业秘密的保护责任。
10. 争议解决与合同修订：阐述合作双方在争议解决时采取的方法，以及合同修订的流程与范围等。
需注意的是，合伙公司合作协议是保障各方利益并具有法律约束力的重要文件，应由双方共同商议、明确权益并征求法律专业人士意见后撰写。根据合伙公司具体状况，可对协议内容进行调整和完善。